A Clínica de Direitos Humanos atualmente tem duas linhas específicas de ação, mas que estão interligadas:

1)            Agroambiental: pesquisa e fomento de políticas públicas relacionadas com ordenamento territorial, gestão e manejo agroflorestal, regularização fundiária (pequena, média e grande propriedade), reconhecimento de áreas quilombolas e populações tradicionais, demarcação das áreas indígenas e criação de unidades de conservação.

2)            Internacional: capacitação dos discentes para acionar, juntamente com organizações não governamentais e movimentos sociais, os Sistemas Internacionais de Proteção, em casos exemplares de violações de direitos humanos.